Zotero 串接 Obsidian 完整教學｜生成文獻筆記，讓想法互相連結

用了一段時間的 Zotero 之後，你可能會遇到一個問題。

文獻分類、整理得很好，資料夾和標籤分得清清楚楚。讀完文獻，畫線也畫了，重點都標在 PDF 上。

但讀完之後產生的想法，就這麼讓它隨意消散，沒有留下任何紀錄。

過去的我常常讀完一篇文獻，很久之後要找就找不到，當時看完的想法再也想不起來。這讓我體悟到，想法若沒有被寫成筆記，幾乎等於沒讀過。

Zotero 幫你解決的是「文獻管理與引用」，但它不負責建立「文獻之間的連結」。

所以這篇文章教你把 Zotero 串接 Obsidian，讓讀文獻產生的思考筆記彼此連起來。

還沒用過 Zotero 的話，建議先看【2026 最新】Zotero 教學完整指南，那篇從安裝寫到 AI 串接。這篇就不會教你 Zotero 怎麼使用。

一、為什麼還需要其他筆記軟體

Zotero 原本就有筆記功能，也能把 PDF 標註一鍵轉成筆記（選取文獻並按右鍵「由標註來新增筆記」），搭配 Better Notes 外掛還能做到雙向連結和大綱。筆記量不大的話，這樣就夠了。

但 Zotero 的資料結構是以文獻為單位的。每則筆記都掛在某一篇論文底下，你的想法被侷限在那篇論文裡面。

真正有價值的想法，通常是從不同文獻中產生出來的：

A 論文使用這個細胞株，但 B 論文卻不用這個細胞株，有可能是複製不出相同的結果
三年前讀的那篇提過的機制假設，在最新研究裡被驗證或推翻了
將 A 領域的理論或工具，應用到 B 理論上

這些想法很難只從一篇文獻中產生。但 Zotero 難以促成想法之間的連結。

所以我建議的做法是：Zotero 管理文獻，筆記軟體連結思考。

二、Obsidian 是什麼？為什麼使用它串接 Zotero？

Obsidian 是什麼？

Obsidian （黑曜石）是免費的筆記軟體，個人使用不用付費。其筆記存放在本地端為主，支援用 Markdown 純文字檔建立個人知識庫。

一開始，你需要指定一個資料夾當作它的「vault」（儲存庫），Obsidian 就在那個資料夾裡讀寫檔案。

雙向連結

Obsidian 的核心功能是雙向連結。

在任何一則筆記裡打 [[某個概念]]，就建立了一條連結。如果那則筆記還不存在，點一下就會建立新的筆記。

重點在「連結」：被連結的那則筆記，底部會自動列出所有連過來的筆記，這叫反向連結（Backlinks）。你可以不用維護目錄，也不用事先分類。（設定→核心外掛程式，找到反向連結並開啟）

舉個例子。你讀到一篇論文提到某個機制或概念，寫筆記時把這個機制或概念建成一張卡片，並與該論文建立雙向連結。當你讀到另一篇主題完全不同的研究，也提到同樣的機制，你可以與該機制或概念卡片產生連結。

未來你打開那則機制的筆記，底下就會同時列出這兩篇論文。你沒有做任何整理，這個關聯是在你寫筆記的時候建立的。

文獻之間的連結可以靠「雙向連結」解決。跨文獻的想法不只可以放在 Obsidian，還能與其他文獻產生連結。

Obsidian 還有一個「關係圖（Graph View）」，可以把整個筆記庫的連結畫成一張知識網路。這個功能觀賞性大於實用性，但偶爾能讓你發現某個主題已經累積夠多，可以寫成一篇文章了。

Obsidian 的優缺點

Obsidian 優點有四個：

文獻筆記量大的時候不會卡。純文字檔案沒有資料庫負擔，幾千則筆記照樣秒開，搜尋是全文即時的
模板可以完全自訂。這點在串接 Zotero 時特別重要，匯進來的筆記長什麼樣、哪些欄位放哪裡、標註要不要按顏色分類，全部自己決定，第三節會專門講
外掛生態很活躍。社群外掛超過兩千個，這篇會用到的 Zotero Integration 與 Dataview 都是社群做的
免費。個人使用不用付錢，只有官方同步與發布服務要付費，這兩件事也都有替代方案

但 Obsidian 的缺點是：它的設定門檻比較高。

它沒有預設的用法，剛裝好的時候是一個空資料夾，你得自己決定怎麼分類、要裝哪些外掛、模板怎麼寫。光這篇要講這些設定，就得寫另一篇文章來介紹。

目前我自己的知識庫就放在 Obsidian，閱讀文獻整理的筆記、知識卡片、文章草稿、日記全部在裡面，而文獻則交給 Zotero 管理。

Zotero 負責整理論文的書目資料、PDF 和我畫的註記，Obsidian 負責紀錄我讀完文獻之後產生的想法。

這篇文章設定完的成果

串接完成後，Obsidian 會在你指定的資料夾生出一則新筆記，裡面自動寫好：

文獻書目資訊：標題、作者、期刊、年份、DOI、摘要，全部填進 frontmatter
文獻引用格式：格式化好的完整書目（APA 或你指定的任何格式）
文獻的註記：你在 Zotero 的文獻 PDF 檔上，畫的每一條螢光筆與底線，附頁碼，點下去會跳回 Zotero 的原始位置
文獻的圖片：你框選的圖表，變成圖片檔存進 vault，內嵌在筆記裡
想法區：一個留空的「我的想法」區塊，等你寫下自己讀完後的筆記

接下來，會帶你安裝需要的插件程式：Zotero 端的 Better BibTeX、Obsidian 端的 Zotero Integration 外掛，以及一個外掛會自己下載的 PDF 標註抽取工具。

設定一次大約二十到三十分鐘，設定完之後就可以持續輸出筆記了，有需要再調整輸出模板。

三、Zotero 串接 Obsidian 的四個步驟

3.1 Zotero 端：裝 Better BibTeX，把引用關鍵詞格式設好

Better BibTeX（簡稱 BBT）會給每篇文獻一組固定的代號，例如 kramer2012。這組代號叫引用關鍵詞（Citation Key），這是幫助你對照 Zotero 與 Obsidian 兩邊，靠它認出彼此講的是同一篇文獻。

首先，到 Better BibTeX 的 GitHub 下載 .xpi 檔，在 Zotero 打開「工具」→「附加元件」，把 Better BibTeX 安裝好。

安裝好後，改一下引用關鍵詞的公式。從 Zotero 的「編輯」→「設定」→ 左側選 Better BibTeX ，找到修改引用關鍵詞公式的欄位

預設公式是 auth.lower + shorttitle(3,3) + year，生出來的引用偏長。想要 kramer2012 這種短版，改成 auth.lower + year。（不一定要照著我的設定）

注意！改引用關鍵詞公式不會更新已經生成的引用。 新規則只對之後新增或修改的文獻生效。

要修改舊的引用關鍵詞，步驟如下： 1. 到 Zotero 主畫面，全選所有文獻（點一下任一書目清單按Ctrl+A） 2. 右鍵 → 找到 Better BibTeX 3. 選擇「重新生成 BibTex 引用關鍵詞」

接著，要在 Obsidian 安裝的 Zotero Integration 外掛，需要 Zotero 有一個可用的 Quick Copy 格式才能運作。

到 Zotero 的「編輯」→「設定」→「匯出」，把項目格式設好（要走 Markdown 或 LaTeX 寫作的人選 Better BibTeX Key Quick Copy，只是在文獻筆記的話留預設的 APA 7th 引用格式也行）。

3.2 Obsidian 端：裝 Zotero Integration

打開 Obsidian 的「設定」→「第三方外掛」，先關掉安全模式，點「瀏覽」，搜尋 Zotero Integration，安裝後記得按下「啟用」。

3.3 先建好Obsidian 要匯入的模板，然後設定匯入格式

這一節的順序很重要：先做出模板檔，再回設定頁填欄位。

設定頁有一欄要填模板檔的路徑，模板還不存在的話，那一欄會空著，匯入時就只會產出圖片，卻無法產生筆記。

建立 Obsidian 的模板

模板決定從 Zotero 匯進來的筆記長什麼樣子。

這裡我不會教你如何寫模板的語法，這部分你去問 AI 就好。我自己也是直接請 AI 幫我生成匯入的模板。

你得先在Obsidian 的 vault 裡新增一個專門放模板的 .md 檔（放哪都行，我會建立一個 Template 資料夾存放各種模板），接著把下面這份貼進去存起來：

---
citekey: "{{citekey}}"
title: "{{title | safe}}"
authors: "{% for a in creators %}{{a.lastName}}{% if not loop.last %}, {% endif %}{% endfor %}"
year: {% if date %}{{date | format("YYYY")}}{% else %}null{% endif %}
journal: "{{publicationTitle}}"
DOI: "{{DOI}}"
tags:
  - 文獻
---

# {{title}}

{{bibliography}}

{% if abstractNote %}
## 摘要

{{abstractNote}}
{% endif %}

## 我的想法

{% persist "notes" %}

{% endpersist %}

## 原文標註

{% for a in annotations %}{% if a.annotatedText %}
> {{a.annotatedText}} [(p. {{a.pageLabel}})]({{a.desktopURI}})
{% endif %}{% if a.imageRelativePath %}
![[{{a.imageRelativePath}}]]
{% endif %}{% if a.comment %}
**我的註記**：{{a.comment}}
{% endif %}
{% endfor %}

這個檔案只能用原始碼模式（Source mode）開。否則，開頭那段 --- 會被 Obsidian 當成筆記自己的屬性，用屬性面板編輯會把 {{citekey}} 這些變數洗掉。

這份模板我實測過可以跑，但它只是拿來讓你先把流程接通的。

模板裡面每個標籤在做什麼，想要了解可以詢問 AI 這些變數的功能。若你覺得這份模板不好用，就全部丟給 AI，說你想要什麼樣的筆記，明確講述：欄位要加要減、標註要不要按顏色分區、想法區要放什麼架構，透過跟 AI 來回對話慢慢調整。

我只特別講一個語法：{% persist %} {% endpersist %}。每次重新匯入同一篇文獻，外掛會整份覆蓋掉舊檔案，而被它包起來的區塊，則不會被覆蓋掉。這樣一來，你在「我的想法」寫的東西就能保留下來。若少了這一語法，每次有文獻有新的註記，要重新匯入時，之前寫的內容會全部消失。

設定 Zotero integration 的匯入格式

模板存好之後，回到 Obsidian 的設定，從第三方外掛程式找到 Zotero Integration，找到 Add Import Format，會看到六個欄位：

Name：這個格式的名字，例如「文獻筆記」。取好之後，Obsidian 的命令面板就會多一個叫 Zotero Integration: 文獻筆記 的指令，你要綁快捷鍵也是綁它
Output Path：筆記要存到 Obsidian vault 的哪個資料夾。你可以開一個放文獻筆記的資料夾，再把它的路徑放來，變成 文獻筆記/{{citekey}}.md，一篇文獻一個檔，檔名就是引用鍵
Image Output Path：你在 PDF 上框選的圖表會被存成圖片檔，這裡填它們的落點。建議在文獻筆記資料夾底下再開一層專門放圖，例如 文獻筆記/images/{{citekey}}，每篇文獻的圖各自一個子資料夾，之後要找圖或搬家都方便
Image Base Name：圖片的檔名前綴。填 image 的話，產出的檔名會像 image-1-x123-y456.jpg，數字是頁碼與座標
Bibliography Style：格式化書目要用哪個引用格式，這個格式必須先在 Zotero 裡安裝好，Obsidian 這邊才能夠產生引用格式。
- 我當時使用時遇到一個困難：兩邊的引用格式的名稱不一樣。Zotero 設定畫面上寫「APA Style 7th edition」，但 Obsidian 這邊要選的是 American Psychological Association 7th edition。那才是這個樣式檔登記的正式名稱，我第一次也在這裡卡住，一直跳 CSL style 的錯誤，無法匯入文獻筆記
Template File：填你剛才存好的那份模板檔的路徑。這一欄空著的話，匯入只會產出圖片、產生不了文獻筆記

如果你想要匯入不同的筆記格式，像是「完整文獻筆記」和「只抓標註的速記」，就建兩個 Import Format，各自對應一個模板檔，命令面板就會出現兩個指令。

實際匯入文獻

六個欄位都填好之後，在 Obsidian 按 Ctrl + P 打開命令面板，輸入你剛才取的格式名稱（例如「文獻筆記」），按 Enter 後，Zotero 會跳出搜尋框，找到你要匯入的文獻，按下確認後，筆記就會匯入到前面你設定 Output Path 的資料夾裡，圖片則在 Image Output Path 的資料夾中。

第一次跑的時候，外掛會跳出提示要下載一個叫 PDF Utility 的小工具，它負責把 PDF 裡的標註抓出來。裝完 Zotero Integration 外掛時並不會下載這支工具，要等你真的跑第一次匯入才下載，Windows、macOS、Linux 都支援，按同意讓它裝完就好。

Zotero Integration 的 General Settings 與 PDF Utility 下載按鈕

如果跑完只看到圖片被抽出來、筆記檔卻沒產生出來，回頭檢查 Template File 那一欄是不是空的，忘記填模板位置，外掛不知道筆記要長什麼樣，就只會做抽出圖片，卻不執行產出這文獻筆記。

3.4 綁一個快捷鍵

Zotero 串接 Obsidian 的設定完成後，到 Obsidian 的「設定」→「快速鍵」，搜尋你剛才取的 Import Format 名稱，綁一組順手的組合鍵。

原本每次要用都要打開命令面板，輸入名稱才找得出來的功能，用沒幾次就容易忘記。綁好快捷鍵之後，匯入文獻筆記才會變成一個順手的動作。

四、日常怎麼記筆記

完成 Zotero 串接 Obsidian 的設定後，每天的動作大概就是這幾步：

收集：在 PubMed 或期刊網站，使用瀏覽器外掛 Zotero Connector，把論文與 PDF 收進 Zotero
閱讀：在 Zotero 內建閱讀器讀文獻，並畫下螢光筆、框圖表、寫便利貼。
匯入：在 Obsidian 按快捷鍵，選那篇論文，文獻筆記自動生出來
寫下想法：在「我的想法」區，用自己的話寫下你讀完這篇文獻獲得的觀點
連接：把想法裡的關鍵概念用 [[雙括號]] 與其他文獻做連結，或者把單一概念變成獨立的卡片

前面四步都只是輸入並把註釋放到 Obsidian。

真正建立文獻之間的連結，是從第五步才開始。

如果你的文獻筆記裡只有標註、沒有任何 [[連結]]，那等於只是把 Zotero 的內容複製了一份到 Obsidian。

我自己的做法是文獻筆記只放整理過的重點，真正會反覆讀到的，是從它連出去的那些概念筆記。

4.1 一張表看完所有文獻筆記

筆記累積到幾十篇之後，會需要一個總覽。裝 Dataview 這個外掛，在任一則筆記裡放一段查詢，它會即時掃描你的文獻筆記資料夾，把 frontmatter 的欄位排成表格：

```dataview
TABLE year AS "年份", journal AS "期刊", tags AS "標籤"
FROM "文獻筆記的路徑"
SORT year DESC
```

因為前面的模板已經把年份、期刊、DOI 都寫進 frontmatter 了，這張表不用額外維護，新匯入一篇就自動多一列。

4.2 用 Canvas 排文獻地圖

要做跨論文的比對時，Obsidian 內建的 Canvas 可以把好幾則文獻筆記拉到同一張白板上，用線把它們的關係畫出來：哪兩篇結論衝突、哪一篇是另一篇的前置研究。

Canvas 的功能不算複雜，在寫論文時可以把手上十幾篇文獻放在一起看彼此的關係。

五、Zotero 串接 Obsidian 會踩到的坑

匯入沒反應或跳錯誤，照這個順序查：Zotero 有沒有開著（外掛靠本機通訊，Zotero 關著就完全不會動）、Bibliography Style 有沒有在 Zotero 裡安裝、模板有沒有打錯字。官方文件建議打開 Obsidian 的開發者主控台（Ctrl + Shift + I）看錯誤訊息。
標註完全抓不到，多半是 PDF Utility 沒下載成功，或者標註是用外部軟體畫的。Zotero 的標註存在它自己的資料庫裡，用 Adobe Acrobat 之類的外部軟體畫的線，Zotero 讀不到，Obsidian 自然也讀不到。放進 Zotero 的 PDF，建議標註一律用 Zotero 內建閱讀器。
升級 Zotero 大版本之前，先確認這套設定還能不能用。 Zotero 現在每 6 到 10 週就有一次重大更新，外掛不一定跟得上，所以不一定要馬上更新 Zotero。
匯進來的筆記不會自動更新，這是最多人誤會的地方。它是一次性的匯出，Zotero 那邊有更動不會自己同步過來。你今天匯了一篇，明天回 Zotero 又補畫了三條重點，得再叫一次匯入指令覆蓋它才會出現。

六、Zotero 串接 Obsidian 的替代選擇：ZotLit

覺得 Zotero Integration 的模板設定太麻煩的話，還有另一個選擇：ZotLit。

ZotLit 的做法跟 Zotero Integration 不一樣。Zotero Integration 是按一次指令、抓一次資料；ZotLit 直接讀取 Zotero 的資料庫，在 Obsidian 側邊欄開一個面板顯示你當前選到的那篇文獻與它的標註，讀跟寫在同一個畫面完成，也支援整批匯出。

一開始也是要在 Obsidian 和 Zotero 都安裝外掛。

ZotLit 模板系統更複雜，而且拆成六個模板檔各管一種區塊，雖然自由度更高，但要調的東西也更多。

要注意網路上有使用者回報它在 Zotero 8 之後出現一些問題，跟 Zotero Integration 一樣，更新版本之前先確認能不能繼續使用。（2026/8/17 推出 Zotero 10 了）

想省設定時間的話，Zotero Integration 還是比較好的起點，模板只有一份，適合先入門。若真得覺得不好用，再試試看 ZotLit。

ZotLit 值得嘗試的原因是自動化同步功能。若你不想每次都跑一次匯入指令，想邊讀邊看標註，值得試試看 ZotLit。

七、三款筆記軟體搭配 Zotero 比較

除了 Zotero 串接 Obsidian 外，如果你偏好其他筆記軟體，Notion 和 Heptabase 一樣能接 Zotero。三款我都用過。我自己的知識庫留在 Obsidian，因為我最在意筆記存在自己電腦裡；但如果你的專案本來就跑在 Notion，硬把文獻搬到別的地方只是給自己找麻煩。下面這張表是我的判斷依據。

Notion：靠 Notero 外掛把 Zotero 的條目推進 Notion 資料庫。文獻變成一列之後就能拖看板追閱讀進度、用屬性篩選，也能跟你的專案資料庫關聯起來。缺點是資料存在 Notion 的雲端，而且 PDF 檔案帶不過去。適合專案與筆記本來就放在 Notion 的人。

Heptabase：2026 年 2 月推出 Zotero 整合功能，不必裝任何外掛，PDF 與標註能一起帶進來變成卡片。缺點 Heptabase 是三款裡唯一要付費，無免費使用。同步一樣是單向而且須要手動觸發。適合做跨論文的視覺化比對。

搭配	靠什麼串接	優點	缺點
Zotero × Obsidian	Better BibTeX + Zotero Integration 外掛	雙向連結、資料存在自己電腦、模板可完全自訂	設定門檻最高
Zotero × Notion	Notero 外掛	資料庫視圖、看板追閱讀進度、能跟專案關聯	資料在雲端、PDF 帶不過去
Zotero × Heptabase	官方原生整合	不必裝外掛、PDF 與標註一起帶進來	Heptabase 要付費、同步單向且需手動觸發